Los factores de transcripción del dominio MADS están involucrados en el control de una multitud de procesos en eucariotas, y en las plantas, desempeñan roles particularmente importantes durante el desarrollo reproductivo. Entre los miembros de esta gran familia de proteínas reguladoras se encuentran los factores de identidad de órganos florales, que especifican las identidades de los diferentes tipos de órganos florales de manera combinatoria. Se ha aprendido mucho en las últimas tres décadas sobre la función de estos reguladores maestros. Por ejemplo, se ha demostrado que tienen actividades de unión al ADN similares y que sus patrones de unión a nivel genómico exhiben grandes superposiciones. Al mismo tiempo, parece que solo una minoría de eventos de unión conduce a cambios en la expresión génica y que los diferentes factores de identidad de órganos florales tienen conjuntos distintos de genes objetivo. Así, la unión de estos factores de transcripción a los promotores de los genes objetivo por sí sola puede no ser suficiente para su regulación. Cómo estos reguladores maestros logran especificidad en un contexto de desarrollo no se comprende bien en la actualidad. Aquí, revisamos lo que se sabe sobre sus actividades y destacamos preguntas abiertas que necesitan ser abordadas para obtener una comprensión más detallada de los mecanismos moleculares que subyacen a sus funciones. Discutimos evidencia sobre la participación de cofactores, así como los resultados de estudios sobre factores de transcripción en animales que pueden ser instructivos para una mejor comprensión de cómo los factores de identidad de órganos florales logran especificidad reguladora.