La fertilización convencional con nitrógeno en un sistema de cultivo de maíz mejora el sumidero de metano (CH) del suelo, pero agrava las emisiones de óxido nitroso (NO) y óxido nítrico (NO). Este estudio demuestra que la aplicación convencional de nitrógeno (UN) aumentó la absorción de CH en un 154%, mientras que elevó las emisiones de NO y NO en un 190% y 301%, respectivamente, en comparación con parcelas sin nitrógeno (N0). La fertilización reconfiguró fundamentalmente los mecanismos regulatorios que rigen los flujos de gases: bajo UN, los flujos estaban controlados por una compleja interacción de sustratos de nitrógeno, disponibilidad de carbono, humedad y temperatura, mientras que bajo N0, la absorción de CH mostró una sensibilidad a la temperatura significativamente mejorada (aumentando de 1.06 a 7.54) y las emisiones de óxido de nitrógeno se volvieron más dependientes del amonio nativo y del carbono orgánico extraíble. Crucialmente, la retirada de nitrógeno redujo el amonio del suelo en un 37.1% sin alterar las propiedades del suelo que no son de nitrógeno, incluyendo temperatura, humedad y reservas de carbono lábil. Colectivamente, estos hallazgos son consistentes con el concepto de saturación de nitrógeno bajo tasas de fertilización convencionales. Optimizar estas tasas presenta una oportunidad significativa para mitigar las emisiones de gases de efecto invernadero y la contaminación del aire, al tiempo que mejora la eficiencia en el uso del nitrógeno, alineando así la producción agrícola con los objetivos climáticos y de salud pública sin desestabilizar la función del suelo a corto plazo.