Las especies caracterizadas por afiliaciones de clado indeterminadas, cobertura de investigación limitada e investigación sistemática deficiente sirven como entidades enigmáticas en la taxonomía de plantas y animales, pero tienen una importancia crítica para explorar las relaciones filogenéticas y las trayectorias evolutivas. El subgénero (, Amayllidaceae), un pequeño taxón que comprende aproximadamente cinco especies distribuidas en la meseta Qinghai-Tíbet (QTP) y regiones adyacentes, podría contener una especie enigmática que ha permanecido sin explorar durante mucho tiempo. En este estudio, recopilamos datos sobre especies del subgénero y sus parientes cercanos en el subgénero , así como la especie enigmática . Combinando conjuntos de datos filogenómicos y evidencia morfológica, investigamos las relaciones entre especies y el mecanismo subyacente de la discordancia filogenética. Se filtraron un total de 1662 genes de copia única (SCGs) y 150 loci plastidiales que se utilizaron para análisis filogenéticos basados en métodos concatenados y basados en coalescencia. Además, para evaluar sistemáticamente la discordancia filogenética y descifrar sus impulsores subyacentes, implementamos análisis integrativos utilizando múltiples enfoques, como simulación de coalescencia, muestreo de cuartetos (QS) y cuartetos MSC. Nuestros análisis filogenéticos resuelven de manera robusta como un miembro de subg. , formando un clado hermano con Esta relación fue corroborada aún más por sus características morfológicas compartidas. A pesar de las filogenias robustas inferidas, se detectaron extensos conflictos filogenéticos no solo entre los árboles genealógicos, sino también entre los SCGs y los árboles de especies derivados de plastidios. Estas significativas incongruencias filogenéticas en subg. provienen predominantemente de un orden de linaje incompleto (ILS) y procesos evolutivos reticulados, con eventos de hibridación histórica probablemente correlacionados con la dinámica orogénica pasada y las oscilaciones paleoclimáticas en la QTP y regiones adyacentes. Nuestros hallazgos no solo proporcionan nuevas perspectivas sobre la filogenia de subg., sino que también mejoran significativamente nuestra comprensión de la evolución de las especies en este subgénero.