Antecedentes: Feocromocitoma y paragangliomas (PPGL) causaron hipertensión refractaria en clínicas. El riesgo sostenido de recurrencias locales o metastásicas o el desarrollo de nuevos tumores impulsaron más investigaciones sobre el diagnóstico, la predicción del pronóstico y la inmunoterapia. Método: La stemness del tumor está estrechamente relacionada con el crecimiento heterogéneo del tumor, la metástasis y la resistencia a los medicamentos, y los índices de stemness basados en la expresión de ARNm (mRNAsi) podrían reflejar la stemness del tumor. Esto se calculó en base al algoritmo de aprendizaje automático OCLR y los datos de ARNseq de TCGA de pacientes con PPGL. La relación entre las características clínicas, moleculares y del microambiente tumoral (TME) y la stemness del tumor se analizó a través de los genes centrales que capturaron mejor las características de las células madre de PPGL utilizando análisis de redes de co-expresión génica ponderada (WGCNA), Cox y análisis de regresión LASSO. Resultados: Nuestro estudio encontró que los PPGL metastásicos tenían puntajes de mRNAsi más altos, lo que sugiere que el grado de stemness del tumor podría afectar la metástasis y la progresión. Los subtipos mutantes de , , , y mostraron una diferencia significativa en la expresión de stemness. Los pacientes se dividieron en subtipos de alto y bajo puntaje de stemness. Los PPGL de alto puntaje mostraron un pronóstico más desfavorable en comparación con los de bajo puntaje, asociado con sus características inmunosupresoras, manifestadas como una baja infiltración de macrófagos M1 y una expresión regulada a la baja de puntos de control inmunitarios. Además, desde el punto de vista de las características de stemness, establecimos un pronóstico confiable para PPGL, que tiene el valor de AUC más alto (0.908) en el campo hasta ahora. Y esto podría estratificar a los pacientes con PPGL en subtipos de alto y bajo riesgo, mostrando diferencias significativas en el pronóstico, mecanismos subyacentes correlacionados con alteraciones moleculares específicas, activación de procesos biológicos y TME. Notablemente, la alta infiltración inmunológica y los neoantígenos tumorales en pacientes de bajo riesgo y dieron lugar a una mayor respuesta a la inmunoterapia. Conclusión: Indicamos que la stemness del tumor podría actuar como biomarcador potencial para la metástasis o el pronóstico de PPGL, e integramos múltiples fuentes de datos, analizamos genes relacionados con la stemness valiosos, desarrollamos y verificamos un nuevo sistema de puntuación de stemness para predecir el pronóstico y guiar la elección de estrategias de tratamiento.