Los enfoques de biología cuantitativa y de sistemas se benefician de la profundidad sin precedentes de la secuenciación de próxima generación. Un experimento típico produce millones de lecturas cortas, que a menudo llevan etiquetas de secuencia particulares. Estas etiquetas pueden ser: (a) específicas de la plataforma de secuenciación y del método de construcción de la biblioteca (por ejemplo, secuencias de adaptadores); (b) haber sido introducidas por diseño experimental (por ejemplo, códigos de barras de muestra); o (c) constituir alguna señal biológica (por ejemplo, secuencias de líder de empalme en nematodos). Nuestro software FLEXBAR permite el reconocimiento, clasificación y recorte precisos de etiquetas de secuencia con la máxima flexibilidad, basado en la alineación de secuencias de superposición exacta. El software admite formatos de datos de todas las plataformas de secuenciación actuales, incluidas las lecturas en espacio de color. FLEXBAR mantiene emparejamientos de lecturas y procesa lecturas de códigos de barras por separado bajo demanda. Nuestro software facilita el ajuste detallado de los parámetros de detección de etiquetas de secuencia y de las regiones de búsqueda. FLEXBAR es un software multihilo y combina velocidad con precisión. Incluso escenarios complejos de procesamiento de lecturas pueden ejecutarse con una sola llamada de línea de comando. Demostramos la utilidad del software en términos de aplicaciones de mapeo de lecturas, desmultiplexión de bibliotecas y detección de líderes de empalme. FLEXBAR y información adicional está disponible para uso académico en el sitio web: .