La variabilidad espacial y temporal de la comunidad fitoplanctónica en la laguna costera tropical de Imboassica, un entorno naturalmente aislado del océano por un estrecho banco de arena, se analizó quincenalmente durante 19 meses mediante el muestreo de tres sitios. Durante este estudio, la laguna recibió aporte directo de agua marina en tres ocasiones, lo que resultó en variaciones notables en la salinidad, las concentraciones de nutrientes y la biomasa fitoplanctónica, tanto en términos temporales como espaciales. La biomasa fitoplanctónica presentó valores relativamente bajos, que oscilaron, en promedio, entre 0,54 mg.L⁻¹ en la estación más cercana al mar (estación 1) y 1,34 mg.L⁻¹ en la estación cercana a un banco de macrófitos (estación 3). Las diatomeas y las criptomónadas predominaron en las estaciones 1 y 2 (ubicadas relativamente cerca de la estación 1, pero que reciben la escorrentía de aguas residuales domésticas), y los euglenoides, las criptomónadas y los dinoflagelados en la estación 3. Las estaciones 1 y 2 generalmente presentaron las mismas especies dominantes, pero la estación 2 presentó una mayor biomasa de fitoplancton. Por otro lado, la estación 3 mostró resultados más similares a los de la estación 2 en cuanto a biomasa de fitoplancton; sin embargo, las especies dominantes fueron generalmente diferentes. Las altas fluctuaciones de la salinidad y la reducida disponibilidad de nutrientes se señalan como los principales factores que estructuran la dinámica de la comunidad fitoplanctónica en la laguna Imboassica.