Un lago lateral de un río (el lago Coqueiral, marginal al río Paranapanema en su desembocadura en el embalse de Jurumirim, São Paulo, Brasil) presentó fragmentación en cuatro pequeños cuerpos de agua aislados durante un período prolongado de sequía, lo que interrumpió su conexión con el río. El objetivo de este trabajo fue comparar las modificaciones temporales en la estructura de la comunidad zooplanctónica (abundancia total, riqueza de especies y diversidad) en los cuatro cuerpos de agua. Se realizaron muestreos de zooplancton y mediciones de factores abióticos en dos períodos: durante la fase de aislamiento del lago en relación con el río y después del restablecimiento de la conectividad hidrológica. Se registró un efecto de concentración en la abundancia de zooplancton con la progresión de la sequía, pero sin modificaciones significativas en la riqueza y diversidad de especies. Cuando se produjo el pulso de inundación del río, se observó una reducción en la densidad total de zooplancton debido al efecto de dilución y se registró un aumento significativo en la riqueza y diversidad de especies. La afluencia lateral de agua del río al ambiente lacustre actúa como un factor de perturbación temporal en la estructura de la comunidad zooplanctónica. La composición de las especies de zooplancton presentó algunas modificaciones entre ambos períodos. La deriva de organismos del zooplancton en el agua desde el río hasta el lago, la eliminación de individuos de los macrófitos acuáticos y la eclosión de huevos en reposo del sedimento son factores probables que pueden aumentar la riqueza de especies de zooplancton inmediatamente después de una inundación lateral por pulsos de agua del río.