La pudrición de la cabeza por Fusarium en la cebada reduce el rendimiento del grano y puede llevar a la acumulación de deoxinivalenol (DON) y nivalenol (NIV) en los granos. Realizamos un estudio de especies y evaluamos las concentraciones de DON y NIV en granos de cebada en cuatro regiones de Rio Grande do Sul, el estado más al sur en Brasil subtropical. Se identificaron siete especies: DON (0 a 10,200 ug/kg) y NIV (0 a 1630 ug/kg) se detectaron en el 74% y el 70% de las muestras, respectivamente, con concentraciones más altas encontradas en campos experimentales. Sin embargo, en campos comerciales de cebada, la mayoría de las muestras se situaron por debajo de 2000 ug/kg de DON, que es el límite máximo permitido por la legislación brasileña para granos destinados a procesamiento. La estacionalidad de la temperatura y la precipitación influyó en las concentraciones de micotoxinas. Por lo tanto, la variabilidad de especies en Rio Grande do Sul y una alta incidencia de DON y NIV en granos de cebada destacan la complejidad de este patosistema. Esta variabilidad de especies también puede influir en la efectividad de las medidas para controlar la enfermedad, particularmente en relación con la resistencia genética y la aplicación de fungicidas.