La longitud del internodo del tallo determina la altura hasta la primera vaina (HFP), un rasgo importante para la cosecha mecánica en cultivos de legumbres. En el presente estudio, este rasgo en lentejas fue examinado utilizando microscopía electrónica de barrido (SEM) de células epidérmicas en internodos de tallo de dos padres, Flip92-36L e ILL-1552, con HFP largos y cortos, respectivamente. No se observaron diferencias significativas en la longitud celular, pero se vieron diferencias en el ancho celular. Esto indica que la HFP fue determinada por el número de células en lugar de la longitud celular. La familia de genes candidata para HFP, un miembro de la familia de factores de transcripción MADS-box, controla tanto el tiempo de floración (FT) como los rasgos de HFP. Se identificaron seis genes en este estudio y se analizó su expresión. La mayoría de los genes estudiados mostraron expresión constitutiva durante el crecimiento vegetativo, la floración y las etapas de desarrollo de semillas. La expresión de un gen parece estar involucrada en la transición a la floración y FT, mientras que la expresión de otro estuvo fuertemente asociada con HFP pero no con FT. Se identificaron dos haplotipos con dos SNP cada uno entre ocho accesiones de lentejas secuenciadas, y se desarrolló un marcador ASQ basado en SNP que se utilizó para la genotipificación de una colección de germoplasma de lentejas. Se encontró una asociación significativa entre haplotipos y HFP en este estudio, lo que indica un papel primario para este gen en la longitud del internodo, potencialmente regulando el número de células.