La enfermedad de la raíz de club, causada por , representa una amenaza seria para la producción agrícola global. Los genes huérfanos (GH), que son específicos de especie o linaje y carecen de homólogos detectables en otros taxones, han sido implicados en diversas respuestas a estrés biótico. Aquí, identificamos un nuevo gen huérfano específico de , designado , que confiere resistencia a la raíz de club. La sobreexpresión heteróloga de en mejoró significativamente la resistencia a . El perfil transcriptómico de las líneas sobreexpresoras de destacó el papel esencial de la vía de biosíntesis de fenilpropanoides, mostrando la regulación al alza de genes clave de síntesis de lignina (incluyendo y ) y reguladores relacionados con la defensa (y ). El análisis de red de coexpresión ponderada corroboró aún más el vínculo entre la resistencia mediada por y el aumento de la deposición de lignina y el refuerzo de la pared celular. Nuestros hallazgos establecen como un gen huérfano específico de que mejora la resistencia a la raíz de club a través de la activación de la vía de fenilpropanoides. Estos resultados destacan el potencial de los genes huérfanos como nuevos recursos genéticos para la cría de variedades resistentes a la raíz de club, ofreciendo una estrategia sostenible para mitigar las pérdidas de rendimiento causadas por esta devastadora enfermedad.