Las proteínas vegetales isopreniladas asociadas a metales pesados (HIPPs) desempeñan roles cruciales en las respuestas de las plantas a estrés biótico/abiótico y en la homeostasis de metales pesados. Sin embargo, la participación de los genes en la respuesta de la soja a la toxicidad del aluminio (Al) sigue sin explorarse. Este estudio tuvo como objetivo caracterizar de manera integral la familia de genes e investigar su papel en la toxicidad del Al. Se identificaron un total de 76 genes en el genoma de la soja. Los análisis filogenéticos y de sinonimia revelaron que la evolución de HIPP fue altamente conservada entre la soja, Arabidopsis y arroz. El análisis de elementos cis indicó que los genes podrían estar involucrados en la respuesta a fitohormonas, estrés abiótico y biótico, y crecimiento de las plantas. El análisis de RNA-seq reveló además que la expresión de 20 genes se reguló al alza, y tres se reguló a la baja bajo estrés de Al en las raíces. Entre ellos, seis genes fueron altamente inducidos por Al, mostrando una expresión particularmente alta en las puntas de las raíces. La localización subcelular demostró que GmHIPP29 es una proteína localizada en la membrana plasmática. La sobreexpresión de GmHIPP29 aumentó significativamente la acumulación de Al en el jugo celular de las puntas de raíces peludas de soja transgénica, lo que llevó a una mayor sensibilidad al Al. En conjunto, estos resultados demuestran que GmHIPP29 actúa como un regulador negativo de la tolerancia al Al al promover la acumulación de Al en las raíces de soja.