El diámetro de la fibra de lana (WFD) es un índice importante de las características de la lana y el principal determinante de la calidad y el valor de la lana. Sin embargo, los determinantes genéticos del diámetro de la fibra aún no se han elucidado completamente. Aquí, se caracterizaron la lana gruesa y fina de conejos Angora de la cepa Wan y sus características de folículos pilosos. Los resultados indicaron diferencias significativas en los diámetros de las fibras de lana y sus folículos pilosos. Se utilizó la técnica de secuenciación de ARN (RNA-Seq) para identificar diferencias en la expresión génica en los folículos pilosos entre la lana gruesa y fina. En total, se encontraron 2574 genes expresados diferencialmente (DEGs) entre los dos grupos de folículos pilosos. Los factores de transcripción, las proteínas asociadas a la queratina (KAP) y las familias de queratina (KRT), así como los genes relacionados con la matriz extracelular (ECM), pueden controlar la estructura de las fibras finas en los conejos. Los análisis de ontología genética (GO) y de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) revelaron que el desarrollo de la piel, la diferenciación de células epidérmicas y queratinocitos, el desarrollo del epitelio y las vías de señalización de Notch y ribosomas estaban significativamente enriquecidas, respectivamente. GSEA filtró además seis vías importantes y genes centrales relacionados. El análisis de PPI también extrajo DEGs funcionales asociados con la estructura del cabello. Nuestros hallazgos proporcionan información valiosa para investigar los mecanismos moleculares que regulan la fibra de lana y podrían facilitar la selección mejorada de conejos de lana super-fina a través de la selección asistida por genes en el futuro.