La distribución está restringida a la cuenca del río Tarim en Xinjiang. Recogimos 119 muestras de nueve poblaciones geográficas en la cuenca del río Tarim y utilizamos el método RAD-seq para la genotipificación de SNP. En este estudio, se generaron un total de 164.81 Gb de bases con la plataforma Illumina, y se obtuvieron 129,873 SNPs candidatos con el pipeline Stacks para análisis genéticos poblacionales. Se detectaron altos niveles de diversidad genética entre las nueve poblaciones. Los resultados de AMOVA mostraron que la mayoría de las variaciones genéticas se originaron entre poblaciones ( = 0.67), y los valores por pares variaron de 0.4579 a 0.8736, lo que indica altos niveles de diferenciación genética entre estas poblaciones. El análisis discriminante de componentes principales (DAPCs) y el árbol de unión vecinal (NJ) revelaron que las nueve poblaciones podían separarse en dos clústeres (es decir, poblaciones del sur y del norte), y se observó una diferenciación genética moderada entre las poblaciones del sur y del norte, mientras que los individuos de varias poblaciones no se agruparon según la ubicación geográfica. La evidencia de dos límites genéticos entre las poblaciones del sur y del norte (excepto TTM) fue respaldada por el análisis de barreras. El gráfico de skyline bayesiano indicó que las poblaciones en la cuenca del río Tarim no habían experimentado cuellos de botella genéticos, y el tamaño efectivo de la población se mantuvo estable. Este estudio aclaró por primera vez la diversidad genética y la diferenciación de las poblaciones en la cuenca del río Tarim, y proporcionó datos moleculares valiosos para la conservación y gestión de poblaciones naturales.