La soja fija nitrógeno atmosférico a través de las bacterias rizobias simbioticas que habitan en los nódulos de las raíces. El estrés por sequía afecta negativamente la fijación simbiotica de nitrógeno (FSN) en la soja. El objetivo principal de este estudio fue identificar variaciones alélicas asociadas con la FSN en variedades de soja canadiense de temporada corta bajo estrés por sequía. Se evaluó un panel de diversidad de 103 variedades de soja canadiense de madurez temprana en condiciones de invernadero para determinar rasgos relacionados con la FSN bajo estrés por sequía. La sequía se impuso después de tres semanas de crecimiento de las plantas, donde se mantuvieron las plantas al 30% de capacidad de campo (CC) (sequía) y al 80% de CC (bien regadas) hasta la madurez de las semillas. Bajo estrés por sequía, las plantas de soja tuvieron un menor rendimiento de semillas, componentes de rendimiento, contenido de nitrógeno en semillas, % de nitrógeno derivado de la atmósfera (%Ndfa) y nitrógeno total fijado en semillas en comparación con las condiciones bien regadas. Se encontró una variabilidad genotípica significativa entre las variedades de soja para el rendimiento, los parámetros de rendimiento y los rasgos de fijación de nitrógeno. Se realizó un estudio de asociación a nivel del genoma (GWAS) utilizando 2.16 M de polimorfismos de nucleótido simple (SNP) para diferentes parámetros relacionados con el rendimiento y la fijación de nitrógeno para el 30% de CC y su rendimiento relativo (30% CC/80% CC). En total, se detectaron cinco regiones de locus de rasgos cuantitativos (QTL), incluidos genes candidatos, que se asociaron significativamente con %Ndfa bajo estrés por sequía y rendimiento relativo. Estos genes pueden ayudar potencialmente en futuros esfuerzos de mejoramiento para desarrollar variedades de soja resistentes a la sequía.