La fina estructura del amilopectina afecta la calidad del arroz; en particular, la distribución de la longitud de la cadena de amilopectina (ACLD) en el arroz descascarillado difiere entre subespecies de L. Sin embargo, la correlación entre ACLD y los factores de calidad, y la base genética de la variación fenotípica de ACLD, siguen siendo desconocidas. Aquí, se estudiaron las correlaciones de ACLD con la calidad culinaria y de consumo y con el índice de análisis de viscosidad rápida (RVA) utilizando líneas de sustitución de segmentos cromosómicos (CSSLs). Se observaron variaciones claras en ACLD en líneas de introgresión: la introgresión de segmentos de los cromosomas 3 y 7 aumentó la proporción de amilopectina Fa, y otro segmento del cromosoma 3 redujo la proporción de amilopectina Fb2. Un segmento del cromosoma 11 disminuyó la proporción de amilopectina Fa pero aumentó la de Fb3. El análisis de correlación con el índice RVA mostró además que la viscosidad de descomposición (BDV) estaba negativamente correlacionada con la proporción de cadenas de amilopectina Fb1, Fb2 y Fb3, y positivamente correlacionada con Fa. Los valores de viscosidad de consistencia (CSV) estaban negativamente correlacionados con la proporción de cadenas de amilopectina Fb1, Fb2 y Fb3. Así, aclaramos los factores de calidad determinados por la variación en ACLD, y proporcionamos información clave para la superposición de superioridad genética entre subespecies en la crianza de diseño molecular para la calidad del arroz.