El cacao (L.) es una especie de árbol tropical perteneciente a la familia Malvaceae, que se originó en las selvas tropicales de tierras bajas de la Amazonía. Es un importante producto agrícola que contribuye al Producto Interno Bruto de los países de África Occidental, donde representa aproximadamente el 70% de la producción mundial. Entender la diversidad genética de los recursos genéticos en un país, especialmente para un cultivo introducido como el cacao, es crucial para su manejo y utilización efectiva. Sin embargo, se sabe muy poco sobre la estructura genética del germoplasma de cacao de Sierra Leona y Togo basado en información molecular. Ensamblamos accesiones de germoplasma de cacao (235 de Sierra Leona y 141 de Togo) de diferentes jardines de semillas y campos de agricultores en los estados/regiones productores de cacao de estos países para estudios de diversidad genética y estructura poblacional basados en marcadores de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) utilizando 20 marcadores KASP-SNPs altamente informativos y reproducibles. La diversidad genética entre estas accesiones se evaluó con tres métodos de agrupación complementarios, incluyendo la estructura poblacional basada en modelos, el análisis discriminante de componentes principales (DAPC) y árboles filogenéticos. STRUCTURE y DAPC mostraron cierta consistencia en la asignación de accesiones a subpoblaciones o grupos, aunque se observaron algunas discrepancias en sus agrupaciones. El análisis de varianza molecular (AMOVA) reveló una alta diversidad genética (86%) dentro de las accesiones. Una alta tasa de errores de etiquetado/nombres de genotipos duplicados se reveló en ambos países, lo que puede atribuirse a errores de las fuentes de introducción, errores de etiquetado y etiquetas perdidas. Este estudio preliminar demuestra el uso de KASP-SNPs para la identificación de duplicados/ accesiones mal etiquetadas y proporciona una fuerte evidencia para mejorar la precisión y eficiencia en el manejo del germoplasma de cacao, así como en la distribución de materiales correctos a los agricultores.