La judía de cowpea ( (L.) Walp.) es actualmente un cultivo de legumbres de menor importancia en Europa, pero un cultivo básico muy relevante en África y la segunda legumbre más cultivada en Mozambique. En Portugal y Mozambique, la variación fenotípica y genética de la judía de cowpea se ha mantenido localmente por los agricultores en algunas áreas. Utilizamos los marcadores moleculares SSR, SilicoDArT y SNP para analizar la diversidad genética y la estructura poblacional de 97 accesiones de judía de cowpea, principalmente de Portugal (Europa del Sur) y Mozambique (África del Sur). Hasta donde sabemos, esta es la primera vez que se informa sobre la variación genética y la relación entre las variedades locales de judía de cowpea recolectadas en Portugal y las originarias de Mozambique. A pesar del pasado histórico compartido, las variedades portuguesas no compartieron un fondo genético común con las de Mozambique, y se revelaron dos diferentes grupos genéticos. El conocimiento de la estructura genética de las variedades locales de judía de cowpea ofrece una oportunidad para la selección individual dentro de las variedades adaptadas a condiciones eco-fisiológicas particulares y sugiere la existencia de un valioso banco genético para su explotación en futuros programas de mejora de judía de cowpea en Portugal-PALOP (países africanos de habla portuguesa).