Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. es un organismo modelo de la biología molecular vegetal. Se han secuenciado más de 1.700 secuencias del genoma completo, pero hasta ahora no se han secuenciado genomas de aislados coreanos a pesar de que se han secuenciado muchos de A. thaliana aislados en Japón y China. Para comprender los antecedentes genéticos de la A. thaliana natural coreana (denominada 180404IB4), presentamos su genoma completo del cloroplasto, que tiene 154.464 pb de longitud y cuatro subregiones: 85.164 pb de regiones de copia única grande (LSC) y 17.781 pb de copia única pequeña (SSC) están separadas por 26.257 pb de regiones de repetición invertida (IRs) que incluyen 130 genes (85 genes codificadores de proteínas, ocho rRNAs y 37 tRNAs). Se han identificado 50 polimorfismos de nucleótido único (SNP) y 14 inserciones y deleciones (INDEL) entre 180404IB4 y Col0. Además, se identificaron 101 SSRs y 42 SSRs extendidos en el genoma coreano del cloroplasto de A. thaliana, lo que indica un número similar de SSRs en el resto de los cinco genomas del cloroplasto con una preferencia de las variaciones de secuencia hacia la región SSR. Un análisis de diversidad de nucleótidos reveló dos regiones altamente variables en los genomas de cloroplastos de A. thaliana. Los árboles filogenéticos con otros tres genomas de cloroplastos de aislados naturales de Asia oriental muestran que los aislados naturales coreanos y chinos están agrupados, mientras que dos aislados japoneses no están agrupados, lo que sugiere la necesidad de investigaciones adicionales de los genomas de cloroplastos de los aislados de Asia oriental.