Los genomas de cloroplastos comparativos de cuatro especies (Amaryllidaceae) proporcionan una nueva perspectiva sobre la relación interspecifica y la filogenia
Autores: Zhang, Fengjiao; Wang, Ning; Cheng, Guanghao; Shu, Xiaochun; Wang, Tao; Zhuang, Weibing; Lu, Ruisen; Wang, Zhong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Género
Especie
Genomas de cloroplastos
Análisis filogenético
Genes
Marco filogenómico
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 14
Citaciones: Sin citaciones
El género (Amaryllidaceae) consta de aproximadamente 20 especies, que son endémicas de Asia Oriental. Aunque la especie tiene una gran importancia hortícola y médica, persisten desafíos en la identificación precisa de especies debido a la frecuente hibridación natural y a la variación intraespecífica a gran escala. En este estudio, secuenciamos los genomas de cloroplastos de cuatro especies y recuperamos siete secuencias de genomas de cloroplastos (cp) publicadas en este género para análisis genómicos comparativos y filogenéticos. Se encontró que los genomas cp de estas cuatro especies recién secuenciadas tenían entre 158,405 y 158,498 pb con el mismo contenido de GC del 37.8%. La estructura de los genomas exhibió la típica estructura cuadripartita con un orden y contenido de genes conservados. Se identificaron un total de 113 genes (20 duplicados), incluidos 79 genes codificadores de proteínas (PCGs), 30 tRNAs y 4 rRNAs. El análisis filogenético mostró que las 11 especies se agruparon en tres grupos principales y se ubicaron en la base de . Se sugirió que el fue el donante femenino del , y . El y pueden derivarse de , , o . Estos resultados no solo podrían ofrecer una plataforma a escala genómica para la identificación y utilización de sino también proporcionar un marco filogenómico para futuros estudios en este género.
Descripción
El género (Amaryllidaceae) consta de aproximadamente 20 especies, que son endémicas de Asia Oriental. Aunque la especie tiene una gran importancia hortícola y médica, persisten desafíos en la identificación precisa de especies debido a la frecuente hibridación natural y a la variación intraespecífica a gran escala. En este estudio, secuenciamos los genomas de cloroplastos de cuatro especies y recuperamos siete secuencias de genomas de cloroplastos (cp) publicadas en este género para análisis genómicos comparativos y filogenéticos. Se encontró que los genomas cp de estas cuatro especies recién secuenciadas tenían entre 158,405 y 158,498 pb con el mismo contenido de GC del 37.8%. La estructura de los genomas exhibió la típica estructura cuadripartita con un orden y contenido de genes conservados. Se identificaron un total de 113 genes (20 duplicados), incluidos 79 genes codificadores de proteínas (PCGs), 30 tRNAs y 4 rRNAs. El análisis filogenético mostró que las 11 especies se agruparon en tres grupos principales y se ubicaron en la base de . Se sugirió que el fue el donante femenino del , y . El y pueden derivarse de , , o . Estos resultados no solo podrían ofrecer una plataforma a escala genómica para la identificación y utilización de sino también proporcionar un marco filogenómico para futuros estudios en este género.