Los recursos hídricos son críticamente importantes, pero también presentan riesgos de exposición a microbios tóxicos y patógenos. Cada vez más, una preocupación son las cianobacterias tóxicas, que se han relacionado con la muerte y enfermedades de humanos, animales domésticos y vida silvestre en sistemas de agua dulce en todo el mundo. Los enfoques de gestión que han tenido éxito en la reducción de la abundancia de cianobacterias y la producción de toxinas tienden a ser soluciones a corto plazo aplicadas a pequeña escala (por ejemplo, la aplicación de algicidas) o soluciones que implican inversiones multifacéticas difíciles (por ejemplo, la modificación del paisaje y el uso de la tierra para reducir las entradas de nutrientes). Sin embargo, la implementación de estos enfoques puede verse socavada por interacciones entre especies microbianas que (a) proporcionan a las cianobacterias tóxicas protección contra el método de control o (b) permiten que las cianobacterias tóxicas sean reemplazadas por otras amenazas microbianas significativas. Comprender estas interacciones es necesario para evitar tales escenarios y puede proporcionar un marco para estrategias novedosas que mejoren la gestión de recursos de agua dulce a través de la ciencia de sistemas (por ejemplo, emparejar enfoques físicos y químicos existentes contra las cianobacterias con estrategias ecológicas como la manipulación de enemigos naturales, la focalización de facilitadores y la reducción de la ocupación y reclutamiento bentónico). Aquí, revisamos ejemplos pertinentes de las interacciones y destacamos aplicaciones potenciales de lo que se conoce.