Los estudios sobre los Factores Críticos de Éxito (FCE) en proyectos de desarrollo de Sistemas de Información en Salud (SIS) han estado tradicionalmente limitados a identificar retrospectivamente los FCE en un proyecto terminado. En este artículo, nos enfocamos en cómo aplicar y gestionar prospectivamente los FCE en proyectos de SIS. Basándonos en una perspectiva holística y en el pensamiento sistémico, se aplicó una estrategia de investigación inductiva y se llevó a cabo un estudio de caso en profundidad. Los hallazgos incluyen descripciones detalladas que contribuyen a una mayor comprensión de cómo aplicar y gestionar prospectivamente los FCE en proyectos de SIS. El análisis revela que los FCE deben aplicarse de manera diferente y gestionarse en varios niveles del sistema. Además, muestra cómo existen interacciones entre diferentes niveles del sistema, tanto en el caso de un FCE específico como entre diferentes FCE en varios niveles del sistema. Nuestro marco de análisis y hallazgos indican nuevas direcciones para futuras investigaciones: cómo aplicar y gestionar prospectivamente los FCE en proyectos de desarrollo de SIS ahora puede investigarse de manera más holística y más en detalle. Finalmente, los profesionales de la salud pueden utilizar las descripciones como listas de verificación prácticas para guiarlos en cómo realizar una adaptación situacional de los FCE en proyectos de SIS a través de diferentes niveles del sistema.