La calidad de los granos de maíz es crucial para su valor nutricional, lo que hace que la mejora de la calidad de los granos sea un objetivo principal de los esfuerzos de mejoramiento del maíz contemporáneo. Este estudio utilizó 260 líneas endogámicas de maíz como materiales de investigación y evaluó tres características asociadas con la calidad del grano. Se llevó a cabo un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) utilizando el mejor estimador lineal insesgado (BLUE) para las características de calidad, lo que resultó en la identificación de 23 polimorfismos de nucleótido único (SNP) significativos. Además, se identificaron nueve genes asociados con características de calidad del grano a través de la anotación y predicción de funciones génicas. Además, se compilaron un total de 697 loci de rasgos cuantitativos (QTL) relacionados con características de calidad a partir de 27 documentos, seguido de un análisis meta-QTL que reveló 40 meta-QTL asociados con estas características. Entre estos, se detectaron 19 genes funcionales y genes candidatos reportados relacionados con características de calidad. Tres SNP significativos identificados por GWAS se localizaron dentro de los intervalos de estos QTL, mientras que los otros ocho SNP significativos se situaron dentro de 2 Mb de los QTL. En resumen, los hallazgos de este estudio proporcionan un marco teórico para analizar la base genética de las características relacionadas con la calidad del grano de maíz y para mejorar la calidad del maíz.