El hidrógeno natural se genera a través de procesos bastante profundos y/o en rocas de baja permeabilidad. En tales contextos, los fluidos circulan principalmente a través de la red de fallas y fracturas. Sin embargo, los flujos de hidrógeno de estas capas generadoras de hidrógeno pueden alcanzar rocas sedimentarias con una permeabilidad y porosidad más típicas, lo que permite que los flujos de H se expandan en lugar de concentrarse en fracturas. En ese caso, existen tres modos diferentes de transporte de H: advección (desplazamiento de agua que transporta gas disuelto), difusión y flujo de gas libre según Darcy. Se han ejecutado modelos numéricos para comparar la eficiencia de estos diferentes modos y el camino que implican para el H en una cuenca sedimentaria con acuíferos activos. Los resultados muestran los papeles clave de estos acuíferos, pero también la competencia entre el flujo de gas libre y el desplazamiento de gas disuelto, que pueden ir en direcciones opuestas. Incluso con una hipótesis conservadora sobre la carga de H, existe una fase gaseosa a pocos kilómetros de profundidad, así como acumulación de gas libre. El desplazamiento de la fase gaseosa podría ser el más rápido y la difusión es despreciable. La modelización también nos permite predecir dónde se espera que esté el H en el suelo: en zonas de fallas, eventualmente sobre acumulaciones y, más probablemente, debido a la exsolución, sobre acuíferos superficiales.