El color de la fruta es un rasgo importante en el durazno desde el punto de vista de la preferencia del consumidor, el contenido nutricional y la diversificación de las tipologías de frutas. Se han descrito varios genes y fenotipos para el color de la pulpa y la piel del durazno, y aunque el conocimiento sobre el color del durazno ha aumentado en los últimos años, algunos patrones de color de fruta observados en programas de mejoramiento del durazno no han sido descritos cuidadosamente. En este trabajo, primero describimos algunos patrones de color del mesocarpio del durazno que aún no se han descrito en una colección de cultivares comerciales de durazno, y también estudiamos la herencia genética de los puntos rojos presentes en la pulpa (RDF) y el color rojo alrededor del hueso (CAS) en varias poblaciones segregantes intra- e inter-específicas para ambos rasgos. Para RDF, identificamos un QTL al inicio de G5 en dos poblaciones intraespecíficas, y para CAS identificamos un QTL mayor en G4 en una población tanto intraespecífica como interespecífica entre almendra y durazno. Finalmente, discutimos la interacción entre estos QTL y algunos otros genes previamente identificados en el durazno, como la pulpa de sangre dominante, el color alrededor del hueso, subácido y la fecha de madurez, y las implicaciones para el mejoramiento del durazno. Los resultados obtenidos aquí ayudarán a los curadores de germoplasma de durazno y a los mejoradores a caracterizar mejor sus materiales vegetales y a desarrollar un sistema integrado de marcadores moleculares para seleccionar estos rasgos.