El sistema organizacional está directamente asociado con la gestión organizacional general y la sostenibilidad. La razón es que el sistema organizacional tiene una fuerte relación con el rendimiento organizacional. Una de las funciones más importantes del sistema organizacional es el sistema de trabajo de alto rendimiento, que es el sistema que gestiona a los empleados para que puedan maximizar sus funciones; este estudio se centra en la importancia de un sistema de trabajo de alto rendimiento para lograr los objetivos organizacionales y aumentar el rendimiento. En particular, un sistema de trabajo de alto rendimiento está directamente relacionado con el rendimiento de la innovación que asegura la ventaja competitiva de las organizaciones. Con base en este contexto, este estudio se centró en cómo un sistema de alto rendimiento mejora el rendimiento de la innovación. A diferencia de estudios anteriores, en lugar de centrarse simplemente en la exploración de variables o la verificación de efectos principales, proporcionamos y verificamos el modelo de investigación relacionado con el proceso por el cual ocurre el rendimiento de la innovación. Específicamente, este estudio tuvo como objetivo investigar si los sistemas de trabajo de alto rendimiento en las organizaciones mejoran el rendimiento de innovación de los empleados y examinó el papel mediador de la motivación intrínseca de los empleados en la mejora del rendimiento de la innovación. Además, investigamos el papel moderador del ajuste persona-organización de los empleados en los sistemas de trabajo de alto rendimiento y la motivación intrínseca de los empleados directamente. Para validar este modelo, recopilamos datos de 309 miembros de pymes chinas. Encontramos que los sistemas de trabajo de alto rendimiento afectan positivamente el rendimiento de innovación de los empleados a través de un ajuste persona-organización y que el ajuste persona-organización de los empleados modera significativamente la relación entre los sistemas de trabajo de alto rendimiento y la motivación intrínseca de los empleados directamente. En general, este estudio amplía el alcance de la investigación sobre la mejora del rendimiento de innovación de los empleados y proporciona una base teórica para investigaciones relacionadas, lo que también es una contribución de este estudio.