En este artículo, ilustramos la aplicación de la electroforesis en gel de diferencias para el análisis proteómico del músculo esquelético distrofia. Se utilizó el diafragma como modelo de tejido de distrofinaopatía. La electroforesis en gel bidimensional es un método de separación de proteínas ampliamente empleado en investigaciones proteómicas. Aunque los geles bidimensionales suelen subestimar la presencia celular de proteínas de muy alta masa molecular, proteínas de membrana integral y proteínas de bajo número de copias, este método es extremadamente poderoso en el análisis integral de proteínas contráctiles, enzimas metabólicas, proteínas estructurales y chaperonas moleculares. Esto da lugar a la separación electroforética en gel bidimensional como el método preferido para estudiar tejidos contráctiles en salud y enfermedad. Para estudios comparativos, se ha demostrado que la electroforesis en gel de diferencias por fluorescencia proporciona una excelente herramienta para el descubrimiento de biomarcadores. Dado que las fibras de diafragma envejecidas del modelo de ratón de distrofia muscular de Duchenne se asemejan estrechamente a la patología humana, hemos llevado a cabo una comparación basada en espectrometría de masas del diafragma envejecido naturalmente con el diafragma distrofia senescente. La comparación proteómica del diafragma tipo salvaje resultó en la identificación de 84 especies de proteínas alteradas. Nuevas perspectivas moleculares sobre los cambios distróficos sugieren un aumento del estrés celular, un deterioro del amortiguamiento de calcio, alteraciones citoestructurales y perturbaciones del metabolismo mitocondrial en el tejido muscular deficiente en distrofina.