Los alimentos funcionales como el lino (L.) son fuentes ricas de metabolitos especializados que contribuyen a sus propiedades nutricionales y promotoras de la salud. Comprender la biosíntesis de estos compuestos es esencial para mejorar su calidad y aplicaciones potenciales. Sin embargo, desentrañar redes metabólicas complejas en las plantas sigue siendo un desafío debido a la naturaleza dinámica y la interconexión de las vías biosintéticas. En este estudio, presentamos un enfoque sinérgico que combina el etiquetado isotópico estable (SIL), redes de pares de sustrato-producto candidato (CSPP) y un estudio de curso temporal con alta resolución temporal para revelar los flujos biosintéticos que moldean el metabolismo de los fenilpropanoides en plántulas jóvenes de lino. Al alimentar las plántulas con ácido C--cumarico e aislar productos de metabolización etiquetados isotópicamente antes de la construcción de redes CSPP, la validez bioquímica de las conexiones en la red fue respaldada por SIL, independientemente de la similitud espectral o la correlación de abundancia. Este método, en combinación con espectrometría de masas (MS) de múltiples etapas, permitió propuestas estructurales confiables de lignanos, neolignanos y conjugados de ácido hidroxicinámico, incluida la presencia de ácido chicórico recién identificado y ésteres de ácido tartárico relacionados en el lino. Los análisis de curso temporal de alta resolución revelaron olas sucesivas de formación de metabolitos, proporcionando información sobre flujos biosintéticos distintos hacia lignanos e intermedios de lignificación temprana. No se encontró evidencia aquí de la participación de intermedios de ácido clorogénico o caftárico en la biosíntesis de ácido chicórico en el lino, como se ha descrito en otras especies. En cambio, nuestros hallazgos sugieren que en las plántulas de lino, el ácido chicórico se sintetiza a través de pasos sucesivos de hidroxilación de ésteres de ácido tartárico -cumaroyl. Este trabajo demuestra el poder de combinar estrategias de SIL y CSPP para descubrir nuevas rutas metabólicas y destaca el potencial nutricional de los brotes de lino ricos en ácido chicórico.