La glándula mamaria (MG) experimenta cambios funcionales y metabólicos durante la transición de la gestación a la lactancia, posiblemente mediante la regulación de genes conservados. El objetivo era dilucidar genes ortólogos, grupos cromosómicos y módulos transcripcionales conservados putativos durante el desarrollo de la MG. Analizamos la expresión de 22.000 transcritos utilizando microarrays murinos y muestras de ARN de MG de ratas vírgenes, gestantes y lactantes mediante hibridación entre especies. Se identificaron 521 transcritos expresados diferencialmente, regulados al alza al principio (78%) y a mediados del embarazo (89%) y al principio de la lactancia (64%), pero regulados a la baja a mediados de la lactancia (61%). Se identificaron posibles genes ortólogos. Se cartografiaron los genes alterados en localizaciones cromosómicas ortólogas en humanos y ratones. Se revelaron dieciocho conjuntos de genes conservados asociados a funciones celulares clave y la búsqueda de sitios de unión a factores de transcripción conservados conllevó una posible coregulación entre los ocho conjuntos de genes en bloque. Este estudio demuestra que el uso de la hibridación de matrices heterólogas para el cribado de la expresión de genes ortólogos de rata reveló conjuntos de genes conservados dispuestos en orden cromosómico implicados en vías de señalización y ontología funcional. Los resultados demuestran el poder de utilización de la genómica comparativa y prueban la viabilidad del uso de microarrays de roedores para la identificación de genes putativos ortólogos coexpresados implicados en el control del desarrollo de la glándula mamaria humana.