La PCR cuantitativa por transcripción inversa (RT-qPCR) es una técnica poderosa y ampliamente utilizada para cuantificar alteraciones en la expresión génica. La marchitez bacteriana de la yuca causada por pv. limita severamente el crecimiento y rendimiento de la yuca. La evaluación precisa de los niveles de expresión de los genes tras la infección por pv. es crucial para la identificación de posibles genes de resistencia en la yuca. En este estudio, se seleccionaron treinta y dos nuevos genes de referencia potenciales del transcriptoma de la yuca-pv. Su expresión, junto con la de siete genes de referencia de yuca reportados en la literatura, se evaluó en dos variedades de yuca susceptibles y dos resistentes en seis puntos de tiempo después de la inoculación por pv. a través del análisis de RT-qPCR. La estabilidad de treinta y nueve genes de referencia candidatos se evaluó mediante cuatro algoritmos: geNorm, NormFinder, Delta Ct y RefFinder. Los resultados demostraron que, al servir como nuevos genes de referencia, exhibieron consistentemente una estabilidad de expresión superior a la de siete genes de referencia establecidos bajo la infección por pv., independientemente de las variedades de yuca susceptibles o resistentes. La fiabilidad de los genes de referencia se validó evaluando el patrón de expresión de y bajo la infección por pv. Los hallazgos de este estudio proporcionan valiosos conocimientos para avanzar en la precisión de la cuantificación de los genes candidatos de yuca asociados con la resistencia a enfermedades.