El virus del rizado de la hoja de algodón (CLCuV) causa pérdidas devastadoras en la producción de fibra en Asia Central. La propagación viral a través de Asia en la última década está generando preocupación de que el virus se propague aún más antes de que se puedan cultivar variedades resistentes. El desarrollo actual depende de la evaluación de cada generación bajo presión de enfermedad en un país donde la enfermedad es endémica. Utilizamos el mapeo de loci de rasgos cuantitativos (QTL) en cuatro cruces con diferentes fuentes de resistencia para identificar marcadores de polimorfismo de nucleótido simple (SNP) asociados con el rasgo de resistencia, lo que permite el desarrollo de variedades sin la necesidad de evaluación en campo cada generación. Para ayudar en el análisis de múltiples poblaciones, se desarrolló una nueva aplicación pública de R/Shiny para agilizar el mapeo genético utilizando matrices de SNP y también proporcionar un método fácil para convertir y depositar datos genéticos en la base de datos CottonGen. Los resultados identificaron varios QTL de cada cruce, indicando posibles modos múltiples de resistencia. Múltiples fuentes de resistencia proporcionarían varias rutas genéticas para combatir el virus a medida que evoluciona con el tiempo. Se desarrollaron y validaron marcadores de PCR específica de alelos competitivos (KASP) para un subconjunto de QTL, que se pueden utilizar en el desarrollo posterior de líneas de algodón resistentes al CLCuV.