La calidad nutricional del grano está principalmente influenciada por el contenido de la fracción proteica y el contenido de proteína del grano. Se realizaron búsquedas de loci de rasgos cuantitativos (QTL) para cinco rasgos, aproximadamente 245 y 284 familias individuales de dos poblaciones de líneas de introgresión (IL) derivadas de Kongyu 131/Cypress (población-I) y Kongyu 131/Vary Tarva Osla (población-II), respectivamente. Se desarrolló un mapa de ligamiento genético utilizando 127 marcadores de repetición de secuencia simple (SSR) en la población-I y 119 marcadores SSR en la población-II. En total, se detectaron 20 y 5 QTL en la población-I y población-II, respectivamente. Unos veinte QTL fueron mapeados en la población-I: cinco QTL para albúmina, siete QTL para globulina, seis QTL para prolaminas, un QTL para glutelina y un QTL para contenido de proteína del grano. En total, cinco QTL fueron mapeados en la población-II: un QTL para albúmina y cuatro QTL para contenido de proteína del grano. De los 25 QTL, 19 QTL muestran co-localización con los QTL previamente reportados. Se delineó un QTL similar para el contenido total de proteínas. Este QTL se derivó de la población-I y se validó con éxito en las NILs (líneas casi isogénicas). El fenotipo de proteína del grano mostró una variación significativa entre las dos NILs. Esta investigación sirve como base para la clonación adicional de genes relacionados con la calidad nutricional en los granos de arroz.