La inflorescencia representa el tejido vegetal altamente especializado que produce los granos. Aunque los genes clave que regulan la iniciación y el desarrollo de la flor están conservados, el mecanismo que regula la fertilidad aún no está bien explicado. Para identificar los genes y la red de genes que subyacen a la morfología de la inflorescencia y la fertilidad del trigo panificable, se analizaron las etiquetas de secuencia expresada (EST) de diferentes tejidos mediante un enfoque transcriptómico comparativo. A partir de la comparación estadística de las frecuencias de EST de genes individuales en grupos de EST representativos de diferentes tejidos y la verificación con datos de RT-PCR y RNA-seq, se obtuvieron 170 genes de 59 conjuntos de genes expresados predominantemente en la inflorescencia. Casi un tercio de los conjuntos de genes mostraban perfiles de expresión diferenciados en función de sus ortólogos subgenómicos. Los genes identificados, la mayoría de los cuales se expresaban predominantemente en las anteras, codifican proteínas implicadas en la determinación de la identidad floral del trigo, el desarrollo de las anteras y el polen, la interacción polen-pistilo, y otros. En particular, 25 conjuntos de genes anotados están asociados con la formación de la pared del polen, de los cuales 18 codifican enzimas o proteínas que participan en la vía metabólica de los lípidos, incluyendo la ω-hidroxilación de ácidos grasos, la biosíntesis de alcanos y alcoholes grasos, y el metabolismo de glicerofosfolípidos. Demostramos que el enfoque transcriptómico comparativo era eficaz en la identificación de genes para el desarrollo reproductivo y descubrimos que el metabolismo lipídico era particularmente activo en las anteras del trigo.