La enfermedad de manchas foliares de ojo de rana en soja (FLS) se ha reportado a nivel mundial y es causada por un hongo que afecta el crecimiento, el rendimiento de semillas y la calidad de la soja. Entre las 15 microspecies fisiológicas de soja en China, la Raza 7 es una de las principales microspecies patógenas. Pocos genes están involucrados en la resistencia a FLS, y no pueden satisfacer la necesidad de diseñar métodos de cría molecular para la resistencia a enfermedades. En este estudio, se plantó una población de líneas recombinantes de soja (RIL3613) y una población de recursos genéticos (GP) en dos sitios, Acheng (AC) y Xiangyang (XY). Se obtuvieron datos fenotípicos sobre el porcentaje de área foliar enferma (PLAD) en las hojas de soja mediante tecnología de reconocimiento de imágenes después de la inoculación de siete especies fisiológicas y el inicio completo en la etapa R3. Se mapearon loci de rasgos cuantitativos (QTLs) y nucleótidos de rasgos cuantitativos (QTNs) a través de análisis de ligamiento y estudios de asociación a nivel genómico (GWAS), respectivamente. Los genes de resistencia a FLS se predijeron posteriormente en la región de desequilibrio de ligamiento del QTN colocalizado. Identificamos 114 QTLs y 18 QTNs en las poblaciones RIL3613 y GP, respectivamente. Un total de 14 loci de QTN se colocalizaron en las dos poblaciones, seis de los cuales presentaron altas contribuciones fenotípicas. A través del análisis de asociación haplotipo-fenotipo y la cuantificación de expresión, tres genes (Glyma.06G300100, Glyma.06G300600 y Glyma.13G172300) ubicados cerca de los marcadores moleculares AX-90524088 y AX-90437152 (QTNs) están asociados con la Raza 7 de FLS en China, identificándolos como posibles genes de resistencia candidatos. Estos resultados proporcionan una base teórica para la minería genética de la especie fisiológica de manchas grises No. 7 en soja. Estos hallazgos también proporcionan una base teórica para comprender el mecanismo genético subyacente a la resistencia a FLS en soja.