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Identificación integral de genes clave responsables de la senescencia foliar del arroz (L.) mediante WGCNA utilizando dos conjuntos de datos de envejecimiento independientes

Autores: Zhou, Xiaoya; Zhong, Hua; Yu, Chuntian; Wang, Zhaohai

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2025

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Acceso abierto

Artículo científico


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Botánica

Palabras clave

Senescencia de hojas
Arroz
Análisis de redes de coexpresión génica
Factores de transcripción
Análisis de redes de interacción proteína-proteína
Genes clave

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 8

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
La senescencia foliar es la etapa final del desarrollo de las hojas de las plantas, estrechamente relacionada con el rendimiento y la calidad de los cultivos de cereales. Sin embargo, el mecanismo regulador molecular de la senescencia foliar del arroz (L.) aún no está muy claro. Este estudio realizó un análisis de red de coexpresión génica ponderada (WGCNA) utilizando dos conjuntos de datos transcriptómicos independientes relacionados con la senescencia del arroz. Se obtuvieron módulos correlacionados positiva/negativamente con la senescencia foliar para cada conjunto de datos. El análisis de intersección adicional filtró 180 y 248 genes comunes altamente correlacionados positiva/negativamente con la senescencia foliar. Los análisis de enriquecimiento de Ontología de Genes (GO) y de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) mostraron que estos genes comunes identificados estaban principalmente enriquecidos en procesos biológicos y vías relacionadas con la senescencia, como el metabolismo de oxígeno reactivo, la vía hormonal, la regulación de la muerte celular, la respuesta a estímulos, el metabolismo de aminoácidos, el metabolismo fotosintético, etc. Se identificaron factores de transcripción y genes estudiados a partir de estos genes comunes, encontrando que la regulación de la transcripción, la regulación hormonal, el metabolismo de especies reactivas de oxígeno y las vías de fotosíntesis juegan un papel esencial en la senescencia foliar del arroz. El análisis de red de interacción proteína-proteína (PPI) identificó 28 genes clave probablemente involucrados en la senescencia foliar. El análisis de red central identificó 68 genes centrales que probablemente participan en la senescencia foliar. Se seleccionaron doce genes de la red PPI y de la red de genes centrales para la validación de RT-qPCR de sus patrones de expresión durante la senescencia foliar. Se discuten en detalle las funciones de los genes correlacionados con la senescencia identificados en este estudio. Estos resultados proporcionan valiosos conocimientos sobre los mecanismos regulatorios de la senescencia foliar en el arroz y sientan las bases para la investigación funcional sobre genes candidatos de senescencia.

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