Mejorar el repositorio de marcadores y el desarrollo de marcadores amigables para los criadores en garbanzos es importante en relación con las aplicaciones de mejoramiento asistido por genómica en garbanzos. Los marcadores de inserción-deleción (InDel) están ampliamente distribuidos en los genomas y se pueden observar fácilmente con cebadores diseñados específicamente, lo que reduce el tiempo, costo y requisitos de mano de obra. A la luz de esto, el presente estudio se centró en la identificación y desarrollo de marcadores InDel a través del uso de datos de secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción de doble digestión (ddRADSeq) de 20 accesiones de garbanzo. El análisis bioinformático identificó 20,700 sitios InDel, incluyendo 15,031 (72.61%) deleciones y 5669 (27.39%) inserciones, entre las accesiones de garbanzo. Los marcadores InDel variaron de 1 a 25 pb de longitud, mientras que se encontró que los marcadores InDel de longitud de un solo nucleótido representaban la mayoría de los sitios InDel y constituían el 79% del total de marcadores InDel. Sin embargo, nos centramos en los marcadores InDel cuya longitud era mayor que un solo nucleótido para evitar errores de lectura o alineación. Entre todos los marcadores InDel, el 96.1% eran de menos de 10 pb, el 3.6% estaban entre 10 y 20 pb, y el 0.3% eran de más de 20 pb de longitud. Examinamos los marcadores InDel que tenían 10 pb o más para el desarrollo de marcadores InDel basados en una consideración de la distribución genómica y la genotipificación de bajo costo con geles de agarosa. Se seleccionaron un total de 29 regiones InDel, y se diseñaron cebadores con éxito para evaluar su eficiencia. El análisis de anotación de los marcadores InDel reveló que se encontraban con la mayor frecuencia en las regiones intergénicas (82.76%), seguidas por los intrones (6.90%), las secuencias codificantes (6.90%) y los exones (3.45%). El análisis de diversidad genética demostró que el contenido de información polimórfica de los marcadores variaba de 0.09 a 0.37, con un promedio de 0.20. En conjunto, estos resultados mostraron la eficiencia del desarrollo de marcadores InDel para estudios genéticos y genómicos de garbanzos utilizando el método ddRADSeq. Los marcadores identificados podrían resultar valiosos para los criadores de garbanzos.