El proceso biológico de formación de perlas es un tema de investigación en curso, y se han identificado varios genes asociados con este proceso. Sin embargo, la participación de microARNs (miARNs) en la biomineralización en la ostra perlera no se comprende bien. Para investigar la divergencia y función de los miARNs, realizamos un análisis de transcriptoma de bibliotecas de ARN pequeño preparadas a partir de tejidos de músculo aductor, branquias, ovario y manto. Identificamos 186 miARNs conocidos y 42 miARNs nuevos en estos tejidos. El análisis de agrupamiento mostró que los patrones de expresión de los miARNs eran similares entre los tejidos somáticos, pero diferían significativamente entre los tejidos somáticos y los ovarios. Para validar la existencia de los miARNs identificados, se verificaron nueve miARNs conocidos y tres miARNs nuevos mediante qRT-PCR en bucle de tallo utilizando snARN como referencia interna. La abundancia de expresión y la predicción de objetivos entre los miARNs y los genes relacionados con la biomineralización indicaron que miR-1990c-3p, miR-876, miR-9a-3p y novel-3 pueden ser factores clave en la red reguladora que actúa controlando la formación de proteínas de matriz o la diferenciación de células mineralogénicas durante la formación de la concha en el tejido del manto. Nuestros hallazgos sirven para aclarar aún más los procesos subyacentes a la biomineralización en la ostra perlera.