Mejorar los rasgos de calidad es un objetivo principal en los programas de mejora del maíz forrajero. El uso de estudios de asociación a nivel genómico (GWAS) para rasgos de calidad, en combinación con la integración de recursos genéticos, presenta una oportunidad para identificar regiones genómicas cruciales y genes candidatos que influyen en la calidad del maíz forrajero. En este estudio, se realizó un GWAS en 580 líneas endogámicas de maíz forrajero, y se llevó a cabo un meta-análisis de 477 loci de rasgos cuantitativos (QTL) de 34 estudios. El análisis identificó 27 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) significativos y 87 QTL de consenso (cQTL), con 7 cQTL asociados a múltiples rasgos de calidad. Al integrar los SNP identificados a través del mapeo de asociación, se encontró que un SNP se superponía con el intervalo de cQTL relacionado con el contenido de proteína cruda, fibra detergente neutra y almidón. Además, el análisis de enriquecimiento predijo 300 y 5669 genes candidatos a través de GWAS y meta-análisis, respectivamente, destacando vías como el metabolismo celular, la biosíntesis de metabolitos secundarios, la función del ribosoma, el metabolismo del carbono, el procesamiento de proteínas en el retículo endoplásmico y la biosíntesis de aminoácidos. El examen de 13 genes candidatos de tres regiones co-localizadas reveló un gen de la familia del citocromo P450, mientras que los otros 2 genes codifican principalmente proteínas involucradas en respuestas al estrés y otras vías biológicas. En conclusión, esta investigación presenta una metodología que combina GWAS y meta-análisis para identificar regiones genómicas y genes potenciales que influyen en los rasgos de calidad en el maíz forrajero. Estos hallazgos sirven como base para la identificación de QTL significativos y genes candidatos cruciales para mejorar la calidad del maíz forrajero.