Las proteínas HD-ZIP (proteínas de dominio homeobox con cremallera de leucina) son una gran familia de factores de transcripción específicos de plantas que desempeñan roles cruciales en la regulación de varios procesos fisiológicos y de desarrollo, incluyendo el crecimiento, la diferenciación, la respuesta al estrés ambiental y el desarrollo reproductivo. El tamaño de la semilla es el principal factor limitante que afecta el rendimiento del maíz. Sin embargo, la identificación y caracterización a nivel genómico de esta familia en maíz y sus funciones biológicas en el tamaño de la semilla no se han reportado. Aquí, se identificaron 61 genes en el genoma. El análisis filogenético de estos genes reveló que están agrupados en cuatro subfamilias: HD-ZIP I, HD-ZIP II, HD-ZIP III y HD-ZIP IV. El análisis de dominios reveló que la distribución de estos dominios se alinea perfectamente con los criterios de clasificación de subfamilias, con miembros de la misma subfamilia compartiendo dominios similares. El análisis de elementos cis-actuantes mostró que los genes de la familia ZmHD-ZIP están involucrados en la regulación del desarrollo reproductivo de las plantas. Además, el sobreexpresamiento de Arabidopsis y maíz tuvo semillas más grandes con mayor longitud de grano y mayor peso de grano debido a un área de embrión y endospermo más grande. Estos hallazgos podrían servir como base para futuros estudios sobre los roles de los genes en la mejora del rendimiento del maíz.