Las proteínas DnaJ son reguladores establecidos de múltiples procesos fisiológicos en las plantas, pero su identificación sistemática y caracterización funcional en el algodón sigue siendo en gran medida inexplorada, particularmente en lo que respecta a sus roles en la regulación del desarrollo floral. En este estudio, basado en un análisis genómico a gran escala de L., se identificaron sistemáticamente 372 genes y se clasificaron filogenéticamente en cuatro clados distintos (I-IV). Estos genes exhibieron una distribución cromosómica no uniforme. El análisis estructural reveló variaciones específicas de clado en el número de intrones y motivos conservados. El perfilado de elementos cis-actuantes indicó los roles de en la modulación de la regulación biosintética y metabólica durante el desarrollo vegetativo y reproductivo en el algodón. El análisis transcriptómico destacó patrones de expresión específicos de tejido, mostrando una expresión preferencial en anteras y filamentos. La validación funcional a través del silenciamiento mediado por VIGS confirmó como un regulador negativo de la transición floral, acelerando la brotación en 7.7 días y la floración en 9.7 días en plantas silenciadas. Este estudio elucida la arquitectura genómica de , demuestra el papel crítico de en el desarrollo floral y proporciona información para la mejora molecular en algodón de maduración temprana.