Existe una escasez de conocimiento sobre la identificación de begomovirus y la distribución de virus del mosaico de la yuca en las principales regiones productoras de yuca de Sierra Leona. El estudio tuvo como objetivo identificar y mapear la distribución de los virus asociados a la enfermedad del mosaico de la yuca (CMD) en los campos de los agricultores en Sierra Leona. Se recolectaron muestras de hojas de yuca (Crantz) en 109 pequeñas explotaciones agrícolas durante una encuesta geo-referenciada realizada del 10 de mayo al 5 de junio de 2024. Se llevaron a cabo diagnósticos moleculares para identificar las cepas virales asociadas con el CMD. Los hallazgos revelaron que la infección por esquejes era más predominante en las regiones sur, este, norte y noroeste que en la región oeste. En contraste, la infección por mosca blanca era predominante en las regiones oeste, norte y noroeste. La detección por PCR de 426 muestras, junto con el análisis de secuencias, reveló la presencia de virus similares al mosaico de la yuca africana (ACMV-like) y virus similares al mosaico de la yuca de África Oriental (EACMV-like) como infecciones únicas en un 78.1% y un 1.3%, respectivamente. Se detectaron co-infecciones de virus similares a ACMV y EACMV en el 20.6% de las muestras analizadas. Además, el 70.6% de las muestras positivas para el virus EACMV-like (infecciones únicas y mixtas) resultaron ser positivas para el virus del mosaico de la yuca de África Oriental Camerún (EACMCMV). Los virus ACMV y la co-infección de virus ACMV y EACMV estaban presentes en todas las regiones, mientras que el EACMCV se detectó en todas las regiones excepto en el área occidental. Los resultados indican una mayor prevalencia de la variante EACMCMV en Sierra Leona. Este estudio sugiere la utilización de vigilancia participativa y buenas prácticas agronómicas para manejar el CMD en Sierra Leona.