Las proteínas que contienen el motivo valina-glutamina (VQ) son una clase de reguladores transcripcionales altamente conservados en las plantas y desempeñan papeles clave en el crecimiento, desarrollo y respuesta a diversos estreses en las plantas. Sin embargo, los genes de la familia en la mostaza aún no han sido identificados y analizados de manera integral. En este estudio, se caracterizaron un total de 120 genes de la familia, que estaban distribuidos de manera desigual en 18 cromosomas. Un análisis del árbol filogenético reveló que las proteínas BjuVQ se agruparon en nueve grupos distintos, y los miembros del mismo grupo compartieron una composición de motivos altamente conservada. Un análisis de la estructura génica sugirió que la mayoría de los genes no tenían intrones. Un análisis de duplicación génica reveló que 254 pares de genes fueron duplicados segmentalmente y un par fue duplicado en tándem. Los perfiles de expresión obtenidos de datos de RNA-seq demostraron que la mayoría de los genes tienen diferentes perfiles de expresión génica en diferentes órganos, incluyendo hoja, tallo, raíz, yema floral, vaina y semilla. Además, más de la mitad de los genes se expresaron diferencialmente en algunos momentos bajo tratamiento de baja temperatura. Los datos de qRT-PCR revelaron que ciertos genes fueron regulados al alza en respuesta al estrés por frío. En conjunto, nuestro estudio proporciona nuevas perspectivas sobre los roles de diferentes genes en la mostaza y sus posibles funciones en el crecimiento y desarrollo, así como en la respuesta al estrés por frío.