Las Montañas Hengduan, un hotspot global de biodiversidad, albergan numerosas especies de plantas endémicas moldeadas por una topografía compleja y variaciones microclimáticas. Sin embargo, el aumento de la fragmentación del hábitat debido a las actividades humanas amenaza a especies de distribución restringida. Para investigar la idoneidad de su hábitat e informar sobre la conservación, aplicamos el modelo MaxEnt, Geodetector y Zonation para predecir la distribución potencial, identificar los principales factores ambientales y delinear áreas prioritarias de conservación. Nuestros resultados muestran que solo el 18.36% de la región constituye un hábitat adecuado y altamente fragmentado, concentrado principalmente a lo largo de los valles secos y cálidos de los ríos Jinsha y Yalong, y está disminuyendo mientras se desplaza hacia el sur y el sureste debido al cambio climático. La elevación emergió como el principal factor determinante, con fuertes efectos de interacción entre factores topográficos, climáticos, edáficos y antropogénicos, destacando el papel de las sinergias ambientales en la configuración de la heterogeneidad del hábitat. Las áreas prioritarias de conservación cubrieron el 32% del hábitat adecuado y solo se superpusieron en un 6.17% con las áreas protegidas existentes, lo que indica una brecha espacial en la conservación. Estos hallazgos enfatizan la necesidad de incorporar la heterogeneidad del microhábitat y las interacciones ambientales en la planificación de la conservación y apoyan la adopción de estrategias de micro-reserva para complementar las reservas existentes. Nuestro estudio proporciona un marco práctico para proteger especies montanas vulnerables y ofrece información sobre la dinámica de distribución de plantas en regiones topográficamente complejas.