La presencia de micotoxinas en el alimento tiene el potencial de causar un daño significativo a la salud animal y humana, e incluso implicaciones económicas severas. Los estudios anteriores sobre los efectos de las micotoxinas se centraron principalmente en la adición de micotoxinas disponibles comercialmente en los piensos de los animales. En el presente estudio, la harina de maíz y la semilla de algodón se mantuvieron en condiciones cálidas y húmedas para permitir la producción de micotoxinas y luego se utilizaron para sustituir el 50% y el 100% de la harina de maíz y la semilla de algodón normales en las dietas para vacas lactantes durante 14 días. Los resultados mostraron que la aflatoxina M1, deoxinivalenol, aflatoxina B1 y zearalenona fueron las principales micotoxinas en la leche de las vacas alimentadas con las dietas. En comparación con el grupo de control, la alimentación con dietas que contenían harina de maíz y semilla de algodón enmohecidas redujo la ingesta de alimento, la producción de leche y las producciones de grasa, proteína y lactosa de la leche (> 0.05). No se observaron diferencias significativas en las concentraciones de acetato y valerato, la relación acetato a propionato y la producción de CH calculada en el líquido ruminal (> 0.05), mientras que las concentraciones de propionato, butirato e isovalerato se vieron afectadas (< 0.05) dependiendo del contenido y tipo de micotoxinas naturales. Las concentraciones de creatinina sérica y gliceridos totales se vieron afectadas cuando la harina de maíz y la semilla de algodón fueron reemplazadas por completo con los piensos enmohecidos. Las vías metabólicas para los metabolitos de moléculas pequeñas en la leche fueron alteradas por la exposición a micotoxinas dietéticas, y los cambios estaban principalmente asociados con el metabolismo de aminoácidos, glucosa y energía. Sin embargo, las vacas expuestas a micotoxinas naturales en las dietas seguían estando en condiciones saludables y tenían un bajo recuento de células somáticas en la leche.