El síndrome de smolt hemorrágico (HSS) es un trastorno de etiología desconocida que causa pérdidas en la fase de agua dulce de la cría de salmón atlántico. Normalmente, la mortalidad es limitada y los síntomas desaparecen al exponerse al agua de mar. En este estudio de caso, se diagnosticó patología clásica de HSS con hemorragias en órganos internos y nefrocalcinosis, y las pérdidas fueron sustanciales. Los análisis de microarreglos del riñón cefálico revelaron una asociación entre HSS y una mayor expresión de genes de estrés y proteínas que reducen la biodisponibilidad de hierro, hemo y retinol. En paralelo, se observó la supresión de múltiples vías metabólicas. La regulación al alza de genes que codifican proteínas de fase aguda, complemento y lectinas indicó una inflamación leve, pero sin características propias de infecciones virales o bacterianas. Los análisis de microarreglos destacaron varios miembros de la superfamilia de receptores del factor de necrosis tumoral que pueden controlar el desarrollo de la inmunidad de células B. El examen de IgM a niveles de ARNm y proteínas mostró el impacto de HSS en las respuestas a las vacunas. En peces sin síntomas de HSS (no-HSS), los títulos de anticuerpos específicos de la vacuna para la capa A de subsp. y los anticuerpos que se unen a la hemocianina de lapa de llave DNP (DNP-KLH), que son presumiblemente polireactivos, fueron respectivamente cuatro y 14 veces más altos que en los peces enfermos de HSS. La secuenciación paralela de regiones variables de inmunoglobulina M reveló un tamaño mayor de los clonotipos más abundantes compartidos por múltiples individuos en el grupo no-HSS. Los resultados del presente estudio de caso indicaron que, además del daño directo, HSS suprime las respuestas inmunitarias humorales, incluida la producción de anticuerpos específicos y polireactivos.