El selenio (Se) es un microelemento que desempeña un papel importante como nutriente al influir en diversas características fisiológicas y bioquímicas en las plantas. Se ha demostrado que estimula el metabolismo de las plantas, mejorando los metabolitos secundarios y reduciendo el estrés abiótico y biótico en las plantas. A nivel mundial, las enormes aplicaciones de la nanotecnología en los sectores alimentario y agrícola se han expandido enormemente. El nanoselenio es más activo que los materiales en masa, y se han reportado diversas rutas de síntesis de nanopartículas de Se (Se-NPs) en las que la síntesis verde utilizando plantas es más atractiva debido a la reducción de problemas ecológicos y un aumento en las actividades biológicas. La biofortificación basada en Se-NP es más significativa porque aumenta la tolerancia al estrés de las plantas y tiene un impacto positivo en su metabolismo. Las Se-NPs pueden mejorar la resistencia de las plantas a diversos estrés oxidativos, promover el crecimiento, mejorar el estado de los nutrientes del suelo, aumentar los niveles de antioxidantes en las plantas y participar en el proceso de transpiración. Además, utilizan un agente reductor biodegradable y fácilmente disponible y son ecológicamente amigables. Esta revisión se concentra en información notable sobre los diferentes modos de síntesis y caracterización de las Se-NPs, sus aplicaciones en el crecimiento de las plantas, el rendimiento y la tolerancia al estrés, y su influencia en el proceso metabólico.