Los abejorros son polinizadores importantes para los cultivos y las plantas silvestres en flor. Varios pesticidas han amenazado la abundancia y diversidad de los abejorros. Además de los efectos subletales directos, los pesticidas pueden alterar las comunidades microbianas intestinales de las abejas. Los insecticidas imidacloprid y flupyradifurona se unen al receptor de acetilcolina nicotínica. Sin embargo, se asumió que este último era inofensivo para las abejas melíferas e incluso se puede aplicar en cultivos en floración. En este estudio, evaluamos los impactos de estos dos pesticidas en microcolonias sin reina y en la microbiota intestinal de . Encontramos que 10 g/L de imidacloprid impidieron significativamente el consumo de jarabe, y pospusieron el período de puesta de huevos, el desarrollo de larvas y pupas. Disminuyó la abundancia relativa de los simbiontes específicos de los abejorros, y Firm-5. Por el contrario, 10 g/L de flupyradifurona no redujeron el consumo de jarabe, ni bloquearon el desarrollo de larvas y pupas en los abejorros. Aunque no se observaron fenotipos significativos, PICRUST reveló que la flupyradifurona suprimió vías que involucran el metabolismo de carbohidratos, el metabolismo de nucleótidos, la traducción y el transporte de membrana. Nuestros hallazgos sugieren que el uso apropiado de este nuevo pesticida puede considerarse seguro para los abejorros, pero el mecanismo subyacente requiere una investigación adicional.