Las malas hierbas agrícolas representan grandes desafíos para la producción sostenible de cultivos, debido a sus orígenes complejos y su abundante diversidad genética. El arroz silvestre (WD) infesta los campos de arroz en todo el mundo, causando enormes pérdidas en el rendimiento y la calidad del arroz. Para explorar los orígenes y la evolución del WD, analizamos los polimorfismos de secuencia de ADN de los genes de ruptura de semillas en arroz silvestre, salvaje y cultivado de distribución mundial. También utilizamos huellas moleculares de microsatélites e inserciones/deleciones para determinar su relación genética y estructura. Los resultados indican múltiples orígenes del WD, siendo la mayoría de las muestras evolucionadas a partir de sus progenitores cultivados y algunas pocas de arroz salvaje. El WD que evolucionó a partir de la desdomesticación mostró estructuras genéticas distintas asociadas con la diferenciación del arroz. Además, los haplotipos únicos de malas hierbas que solo se identificaron en las muestras de WD sugieren sus mutaciones novedosas. Los hallazgos de este estudio demuestran el papel clave de la desdomesticación en los orígenes del WD, en los cuales las variedades cultivadas estimularon una mayor evolución y divergencia del WD en varios agroecosistemas. Además, las mutaciones novedosas promueven la evolución continua y la diversidad genética del WD, adaptándose a diferentes entornos. El conocimiento generado a partir de este estudio proporciona profundas ideas sobre el origen y la evolución de las malas hierbas conspecíficas, además del diseño de medidas efectivas para controlar estas malas hierbas.