La predicción de la circulación estuarina es un tema candente, especialmente en regiones densamente pobladas, como Santos (Brasil). Este artículo tiene como objetivo mejorar un sistema de predicción del nivel del agua para el estuario de Santos, particularmente la fuerza física que determina la marea residual, que en casos extremos aumenta los errores de predicción. Se implementó el modelo hidrodinámico MOHID con un enfoque de escalado descendente anidado. Todos los procedimientos automáticos para proporcionar un sistema de pronóstico en tiempo real de alta resolución son gestionados por el software AQUASAFE. Se analizaron los conjuntos de datos de observación y predicción del nivel del agua (2016-2017) de cinco mareógrafos en el canal de Santos, resultando en configuraciones de modelo distintas, con el objetivo de minimizar las inexactitudes en las predicciones. Las soluciones de referencia de frontera abierta actuales de MOHID fueron modificadas: la solución astronómica se actualizó de FES2012 a FES2014, mientras que la componente meteorológica (solución global del Servicio de Monitoreo del Medio Marino Copernicus (CMEMS)) tuvo su resolución temporal alterada de datos diarios a horarios. Además, se identificó la correlación entre la altura significativa de las olas y los eventos de marea residual positiva. La validación del modelo presentó un error cuadrático medio mínimo de 12.5 cm. A pesar de las mejoras en la solución FES2014 en la entrada de la bahía, los errores aumentaron en las estaciones interiores, lo que retrata la necesidad de mejores datos batimétricos. El uso de una resolución horaria de CMEMS disminuyó los errores de la marea meteorológica. Se desarrolló un método de regresión lineal para corregir la marea residual a través del post-procesamiento, bajo condiciones específicas de altura de ola. En general, la implementación más reciente aumentó la precisión de la predicción del nivel del agua, particularmente en eventos extremos.