Este estudio tuvo como objetivo determinar los mecanismos de estrés inducidos por la aplicación foliar de metil jasmonato (MeJA) en cultivares sometidos a déficit hídrico (DH) y toxicidad por aluminio (Al). Dos cultivares, Star y Legacy, fueron sometidos a diferentes tratamientos en un Andisol: control (80% de capacidad de campo y baja saturación de Al), combinación de DH + Al (50% de capacidad de campo y 85% de saturación de Al), y diferentes concentraciones de aplicación foliar de MeJA (10 uM, 50 uM y 100 uM) bajo condiciones de DH + Al. La determinación de pigmentos fotosintéticos, osmólitos y ácidos orgánicos, así como los niveles de auxinas y la expresión de los genes () y (), se analizó a los 7 y 21 días. La aplicación foliar de MeJA aumentó los niveles de clorofila a, b y carotenoides, principalmente a 50 uM, exhibiendo respuestas tempranas en Star con hasta 1.5 veces más acumulación de pigmentos, y un aumento posterior en Legacy con hasta 1.4 veces más acumulación. La prolina aumentó hasta 2.2 veces en raíces y el azúcar en 1.4 veces en hojas de ambos cultivares. La aplicación de MeJA aumenta los niveles de auxinas hasta 2.3 veces en raíces de Star a los 7 días y hasta 1.4 veces en hojas de Legacy a los 21 días. La regulación al alza inducida por MeJA de la expresión génica facilitó la detoxificación de Al, con niveles de malato y citrato aumentando hasta 2 veces. El agrupamiento jerárquico confirmó que el cultivar Star activó mecanismos de resistencia tempranamente, mientras que el cultivar Legacy mostró mecanismos de resistencia retrasados pero sostenidos. MeJA mejora la resistencia al estrés combinado de DH + Al al modular pigmentos fotosintéticos, osmólitos, ácidos orgánicos y regulación hormonal. Este hallazgo subraya el potencial biotecnológico de la aplicación de MeJA para mejorar la resiliencia al estrés y optimizar el rendimiento de los cultivos en condiciones ambientales adversas.