Teniendo en cuenta los problemas ambientales y reducir la dependencia de los combustibles fósiles, muchos países se han politizado para reponer la demanda de combustibles fósiles a partir de fuentes renovables. Citando el potencial de Jatropha en su mayoría sin ningún respaldo científico y tecnológico, se cree que es uno de los candidatos más adecuados para los biocombustibles. Grandes subvenciones fueron liberadas por muchos proyectos de gran plantación de Jatropha (millones de hectáreas). Lamentablemente, no ha habido progreso significativo, y Jatropha no contribuyó mucho en el escenario de energía. La falta de disponibilidad de cultivares de alto rendimiento, plantación a gran escala sin la evaluación de los materiales de siembra, brecha de conocimientos y brecha de investigación básica parecen ser las principales razones del fracaso. Así, la producción de Jatropha como biocombustible se ha enfrentado a diversos desafíos como la producción, extracción de petróleo, conversión y también su uso como biocombustible sostenible. En este capítulo, revelamos los desafíos y posibles remedios para la contribución en la industria de los biocombustibles.